Podstawowe cechy tej autonomii są następujące:
1) związki wyznaniowe mają zdolność do rządzenia się własnym prawem,
2) wewnętrzna sfera prawna związków wyznaniowych nie jest w jakikolwiek sposób uzależniona od prawodawstwa państwowego.
Państwo i kościoły działają niezależnie od siebie, jedno nie może ingerować w kompetencje drugiego, jednak nie wyklucza to wspólnych płaszczyzn działania, gdzie oba te podmioty mogą współdziałać ze sobą, a niekiedy jest to nawet pożądane. Niemiecki model rozdziału dopuszcza m.in. nauczanie religii w szkołach publicznych, możliwość erygowania fakultetów teologicznych na uczelniach państwowych, możliwość pobierania podatku kościelnego przy pomocy organów państwowych, możliwość sprawowania opieki duszpasterskiej w wojsku, zakładach karnych i szpitalach.
Podatek kościelny (Kirchensteuer) Cechą relacji państwo-kościół w Republice Federalnej Niemiec jest również obowiązek uiszczania podatku kościelnego przez członków danego kościoła. Jedyna możliwość zwolnienia z podatku to wystąpienie z kościoła. Tłumaczyłoby to tak wysoki wskaźnik ateistów. Państwo i kościoły współdziałają w tym zakresie.