Wydawano również literaturę w języku słoweńskim.

Na mocy zasady cuius regio, eius religio, pod koniec XVI wieku rozpoczęto działania kontrreformacji. Biskup Lublany usprawiedliwiał sytuację, którą określał mianem nieporządku religijnego zasadą jeden pasterz – jedna owczarnia. Edukacją zaczęli zajmować się przybyli tutaj w 1597 r. jezuici, przyczyniła się ona do powrotu wielu wiernych do kościoła rzymskokatolickiego.

Kontrreformacja miała tutaj łagodniejszy przebieg niż w Czechach, jednak organizowane było palenie książek, wyburzanie protestanckich budynków, a także bezczeszczenie cmentarzy ewangelickich. Stosowano również przymusowe konwersje na katolicyzm. Protestantyzm zachował się północno-wschodniej części ziem zamieszkałych przez Słoweńców, pozostających częścią Królestwa Węgier. W niektórych górskich rejonach luteranizm był wyznawany potajemnie.

Dopiero patent tolerancyjny z 1781 r. wydany przez cesarza Józefa II zagwarantował ewangelikom pełnię praw obywatelskich. Posiedli oni swobodę wyznania oraz możliwość budowy własnych kościołów, pozbawionych jednak wieży, dzwonów i wejścia od strony ulicy. Kościół katolicki sprzeciwiał się nowym zasadom twierdząc, że przeczą one boskiemu i naturalnemu prawu.