W wyniku I rozbioru Polski w 1772 r. Hrubieszów znalazł się w zaborze austriackim, w którym pozostał do roku 1809. Należał do gubernium lwowskiego, początkowo (do 1782 r.) do cyrkułu Bełz z siedzibą w Zamościu, gdzie w latach 1773–1775 był siedzibą okręgu, a następnie do cyrkułu zamojskiego. W wydanym po raz pierwszy w 1786 r. dziełku pt. „Geografia (...) Galicyi i Lodomeryi” jego autor, hrabia Ewaryst Andrzej Kuropatnicki, nie poświęcił miastu wiele miejsca, pisząc o nim tylko: Miasto nad rzeką Huczwą, nic niema do zaszczytu prócz kościoła, w którym są groby Kuropatnickich i Kurdwanowskich, którzy się do fundacyi tego kościoła znakomicie przykładali, jako i klasztoru dominikańskiego. Do tego to kościoła XX. Dominikanów fara teraz przeniesiona.
W latach 1809–1815 Hrubieszów należał do Księstwa Warszawskiego. Ostatecznie w 1815 r. został przyłączony do Królestwo Polskiego (Kongresowego) pod panowaniem Imperium Rosyjskiego (zabór rosyjski). W 1800 r. wsie dawnego starostwa kupił Stanisław Staszic, który w 1816 r. na swoich dobrach założył fundację „Towarzystwo Rolnicze Hrubieszowskie”. Była to pierwsza w Europie organizacja przedspółdzielcza, działająca do 1945 r.
20 sierpnia 1847 w mieście urodził się pisarz Bolesław Prus.