Od 1986 populacja gnu w kraterze spadła z 14 677 do 7250 w latach 2003–2005. Ilość elandów i gazelopek sawannowych także spadła. Wzrosła natomiast znacznie liczebność bawołów afrykańskich, prawdopodobnie w związku z długotrwałym zapobieganiom pożarom, co faworyzuje bardziej włókniste trawy nad krótszymi, mniej włóknistymi.
Lwy thumb|Lwica ryczy w kraterze Ngorongoro Krater zamieszkuje najgęstsza znana populacja lwa masajskiego., w 2001 licząca 62 sztuki.
Efektem ubocznym naturalnego obszaru zamkniętego jest znaczący chów wsobny populacji lwów, powodowany bardzo małą liczbą nowych linii wchodzących do lokalnej puli genowej, gdyż bardzo niewiele migrujących samców lwów dostaje się do krateru z zewnątrz. Te, którym uda się wejść, często nie mają szans dostąpić rozrodu: są wyganiane przez samce z krateru, stanowią bowiem konkurencję rozrodczą.