Licznie reprezentowane są antylopy gnu pręgowane (około 7000 sztuk w 1994), zebra równikowa (4000), gazelka masajska i gazelopka sawannowa (3000) oraz eland. Mniej liczne, lecz stale obecne są bawoły, słonie, nosorożce czarne (lokalna populacja, która z około 108 sztuk w latach 1964–1966 spadła do zaledwie 11–14 w 1995), lwy oraz hipopotamy. Kob śniady pojawia się głównie w okolicy lasu Lerai. Nie występuje sasebi właściwy, oribi smukłonogi ani też krokodyl nilowy.. Impala zwyczajna jest nieobecna z powodu braku otwartych terenów porosłych drzewami, które preferuje. Nie spotyka się również żyrafy, być może z powodu braku wysokich roślinożerców. Gepard tanzański, likaon pstry, i lampart afrykański widywane są rzadko.
Na południowym zachodzie krateru leży duże jezioro Magadi, zamieszkiwane często przez tysiące głównie flamingów małychNgorongoro Visitor Map Guide, Jacana Education & Dave Watson, Jacana Media, 2008.
Większość zwierząt spędza całe życie w obrębie kaldery, jedynie nieliczne osobniki okresowo opuszczają jej dno, pokonując strome zbocza. Należą do nich gnu (jakieś 20 procent) i zebry (około połowy). Opuszczają one krater w porze deszczowej. Bawół afrykański i eland postępują odwrotnie, najliczniejsze są właśnie w czasie deszczów.