Desakralizacja Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów i zmian granic parafii. Klasztor franciszkanek został zniesiony w 1805 roku. Jego budynki przeznaczono na koszary, a siostry przeniosły się do kościoła Santa Croce. Ich kościół, zdesakralizowany i pozbawiony wyposażenia, zaczął być używany jako stajnia. Plac klasztorny, przemianowany na Campo di Marte, stał się miejscem, na którym austriaccy oficerowie ćwiczyli jazdę konną. Dostępny był on również dla cywilów. W 1817 roku w klasztorze wybuchł gwałtowny pożar, ale ominął kościół. W 1900 roku rozebrano klasztor, a kościół przeznaczono na magazyn fabryki tytoniu. Przy tej okazji przebudowano wnętrze budynku. W 1927 roku na terenie klasztoru zbudowano więzienie, po czym przeniesiono tu więźniów z Palazzo delle Prigioni a San Marco. Kościół został odrestaurowany w latach 1961–1965. Pod koniec lat 60. usunięto XIX-wieczne dobudówki. Nawę główną zdobił fresk przedstawiający Podwyższenie krzyża, Dusze w czyśćcu i Matkę Bożą w chwale ze św. Franciszkiem.