W zamian papież przyrzekł nominację kardynalską dla syna Wawrzyńca Giovanni de Medici, do której faktycznie doszło w marcu 1489. Z uwagi jednak na młodociany wiek Giovanniego publicznie ogłoszono ją dopiero trzy lata później. Przyjazne stosunki nawiązano także z drugim sprzymierzeńcem Neapolu Mediolanem, który w 1487 pomógł w stłumieniu rebelii w Osimo.
Pokój z Neapolem opierał się jednak na kruchych podstawach. Ferrante I wykorzystał go do rozprawienia się z opozycją. Wbrew obietnicom amnestii podstępnie wymordował zbuntowanych baronów i w 1489 doszło do wznowienia walk. Innocenty VIII ekskomunikował króla i złożył go z tronu, nie zrobiło to jednak na nim żadnego wrażenia, tym bardziej, że jego wojska zajęły część terytorium Państwa Kościelnego. W styczniu 1492 doszło wreszcie do zawarcia pokoju, jednak na dobre konflikt zakończył się dopiero w 1494 roku, już po śmierci Innocentego VIII.