Po uporządkowaniu szeregów zajęto pozycje obronne na linii Trutnowo – Jezioro Zaleskie – Jezioro Szewnieńskie. W godzinach wieczornych 2 września stoczono ciężkie walki w obronie przesmyków jeziornych. W godzinach nocnych ppłk Werschner udał się do sztabu Grupy Operacyjnej „Czersk”, której dowódca (gen. bryg. Stanisław Grzmot-Skotnicki) podporządkował pozostałości 50 pp dowódcy 9 Dywizji Piechoty – płk. Józefowi Werobejowi. W dniu 3 września po północy 50 pułk piechoty otrzymał rozkaz przejścia w rejon miejscowości Franciszkowo. Wejście resztek pułku na szosę Świecie – Tuchola, wobec panującego na niej chaosu i zatoru, doprowadziło do przemieszania i rozerwania poszczególnych kompanii. Był to kres istnienia 50 pułku piechoty Strzelców Kresowych jako zwartej jednostki.
Do niemieckiej niewoli Adam Werschner dostał się w dniu 4 września 1939 roku. Przetrzymywany był w oflagach: X A Itzehoe, X C Lübeck i II D Gross-Born (numer jeniecki: 410). Podczas pobytu w oflagu X A w Itzehoe (1939–1941) piastował okresowo funkcję polskiego zastępcy komendanta obozu, a następnie komendanta obozu.