Z początkiem czerwca 1935 roku został wybrany członkiem zarządu Towarzystwa Wiedzy Wojskowej na rok 1935/36.
Od października 1935 roku do dnia 20 lipca 1937 r. zajmował stanowisko zastępcy dowódcy 14 pułku piechoty z Włocławka. Z dniem 30 lipca 1937 roku został przydzielony na stanowisko dowódcy 50 pułku piechoty Strzelców Kresowych w Kowlu, wchodzącego w skład 27 Dywizji Piechoty. Na dzień 23 marca 1939 roku zajmował 3. lokatę wśród podpułkowników piechoty w swoim starszeństwie i nadal dowodził 50 pułkiem piechoty.
Na czele 50 pułku piechoty wziął udział w II wojnie światowej dowodząc nim podczas walk kampanii wrześniowej. W dniach od 19 do 21 sierpnia 1939 r. pododdziały pułku przetransportowane zostały do rejonu koncentracji w pobliżu Inowrocławia. W dniu 26 sierpnia pułk wyruszył transportem kolejowym w okolice Starogardu (wyładunek nastąpił na stacjach kolejowych Ocypel i Osieczna). Dnia 1 września 1939 r. pułk otrzymawszy rozkaz wymarszu w kierunku Fordonu rozpoczął przemieszczanie. Następnego dnia pułk stoczył krwawą walkę w okolicach Świekatowa, ponosząc dotkliwe straty (poległo dwóch dowódców batalionów oraz wszyscy dowódcy kompanii strzeleckich I batalionu). Rozbity pułk wycofał się do lasów Nadleśnictwa Wierzchlas, gdzie podpułkownik Werschner osobiście uporządkował swoje pododdziały.