Studiowało w niej około 1900 osób.
Po kapitulacji powstania warszawskiego tajne komplety dla studentów medycyny odbywały się w ewakuowanych szpitalach warszawskich w Milanówku, Brwinowie i Grodzisku Mazowieckim. W listopadzie 1944 w wydział rozpoczął jawną działalność na uwolnionej od hitlerowców Pradze. Dziekanem został prof. Tadeusz Butkiewicz. Podczas wojny spośród 23 profesorów wykładających w 1939 zginęło lub zmarło 12.
Wiosną 1950 Wydział Lekarski wraz z Wydziałem Farmaceutycznym zostały usunięte z uniwersytetu i utworzono z nich Akademię Medyczną w WarszawieBłażej Brzostek, Życie społeczne uniwersytetu 1945–1989, [w:] Dzieje Uniwersytetu Warszawskiego po 1945, red. Piotr M. Majewski, Warszawa 2016, s. 74..
Z dniem 1 września 2022 utworzony został wydział medyczny.
Spośród profesorów wydziału, rektorami Uniwersytetu Warszawskiego zostali wybrani: prof. Józef Brudziński, pediatra (1915–1917) prof. Jan Mazurkiewicz, psychiatra (1921–1922) prof. Franciszek Krzyształowicz, dermatolog (1924–1925) prof. Mieczysław Michałowicz, pediatra (1930–1931) prof. Jerzy Modrakowski, farmakolog (wybrany w 1939) prof.