Po wznowieniu działalności uniwersytetu w 1915 przez 10 miesięcy studia medyczne prowadzone były w Oddziale Przygotowawczo-Lekarskim Wydziału Przyrodniczego. Sam Wydział Lekarski zaczął działać 24 sierpnia 1916, a jego dziekanem został Leon Kryński. W 1921 w dziedzinie medycyny nadano doktorat honoris causa Józefowi Piłsudskiemu. W 1926 wyodrębniono z niego Wydział Farmaceutyczny (jego dziekanem został Władysław Mazurkiewicz) a w 1927 Wydział Weterynaryjny.
Po kampanii wrześniowej wydział prowadził działalność w konspiracji począwszy od października 1939. Inicjatorami tajnych kompletów byli Ludwik Antoni Paszkiewicz i Witold Orłowski (zajęcia odbywały się także na terenie getta). Tajnym wydziałem kierował prof. Marian Grzybowski. Część zajęć odbywała się w ramach otwartej 4 marca 1941 za zgodą okupanta Prywatnej Szkoły Zawodowej dla Pomocniczego Personelu Sanitarnego dr. Jana Zaorskiego. Wykładali w niej m.in. Aleksander Elkner, Edward Loth, Jan Zaorski, Franciszek Czubalski, Rajmund Barański, Marian Grzybowski, Jerzy Modrakowski, Władysław Kapuściński, Stanisław Przyłęcki i Maksym Nikonorow (dyrektorem naukowym był prof. Stefan Kopeć).