Fauna Górny odcinek rzeki Wieprz stanowi krainę pstrąga i lipienia. Fragment między Krasnobrodem a Szczebrzeszynem znajduje się w wykazie wód górskich PZW. Występują tu również raki. Ostoja Nieliska stanowi siedlisko znacznej liczby gatunków ptaków, wśród których najliczniej występujące to: krzyżówka, batalion, świstun, cyranka, łyska, żuraw zwyczajny, łabędź niemy. Można zaobserwować również ptaki rzadko występujące na terenie kraju takie jak orlik krzykliwy, puchacz, czy bielik.
Gospodarka i turystyka Wieprz jest połączony z Krzną przez najdłuższy w Polsce kanał melioracyjny Wieprz-Krzna. Na żadnym odcinku rzeki nie wyznaczono śródlądowej drogi wodnej.
Na wielu odcinkach rzeki znajdują się liczne wypożyczalnie kajaków. Do turystyki kajakowej najlepiej nadają się wody Wieprza położone poniżej miejscowości Hutki. Odcinek rzeki przebiegający przez Roztoczański Park Narodowy jest wyłączony z tego typu aktywności, zgodnie z regulaminem Parku. Rzeka na całej długości meandruje;