W biegu rzeki znajduje się 5 obszarów Natura 2000: Roztocze, Ostoja Nieliska, Izbicki Przełom Wieprza, Dolina Środkowego Wieprza i Dolny Wieprz.
Wieprz płynie przez obszar słabo uprzemysłowiony, toteż poza ściekami komunalnymi odprowadzanymi z miejscowości zlokalizowanych w bezpośrednim sąsiedztwie rzeki i jej dopływów, do Wieprza trafiają zrzuty jedynie z nielicznych zakładów przemysłowych. Skład chemiczny wód Wieprza kształtują trzy główne czynniki: antropogeniczny - związany z gospodarką ściekami komunalnymi, wpływający dodatnio na zawartość potasu, sodu, chlorków i siarczanów. naturalny - związany z wietrzeniem i erozją skał znajdujących się na terenie zlewni, wpływający na zawartość wapnia, magnezu i strontu. antropogeniczny - związany z wykorzystywaniem przez człowieka cynku i ołowiu.
Flora
W wodach górnego Wieprza zaobserwować można 28 gatunków makrofitów. Licznie występują przedstawiciele gatunków to: mozga trzcinowata, psianka słodkogórz, gałęzatka, jeżogłówek, moczarka kanadyjska i rdest plamisty.