Akka w 1291 r., zaś Arados w 1302 r.), Cylicja stała się osamotniona i narażona na ciągłe ataki sułtanatu mameluków. Królowie rezydowali w Cylicji do upadku królestwa i ucieczki do Francji w 1375 r., a ostatnie punkty oporu Ormian padły w wieku następnym.
XVI - XX wiek Na terenie Cylicji powstał turecki emirat Ramazan, który podlegał mamelukom i oddzielał ich od rosnącej potęgi Imperium Osmańskiego. Po bitwie pod Mardż Dabik w 1516 r. Cylicja dynastii Ramazanidów podlegała Imperium Osmańskiemu i została przez nie następnie wchłonięta.
Ibrahim Pasza, syn zbuntowanego namiestnika Egiptu Muhammada Alego, zajął Cylicję w 1831 r. Przynależność regionu do praktycznie niezależnego Egiptu została potwierdzona w traktacie w Kütahyi z 1833 r., przy czym płacił on z niej i Syrii trybut sułtanowi. Dążące do odzyskania utraconych terenów Imperium Osmańskie zaatakowało państwo Muhammada Alego, lecz, przegrawszy bitwę pod Nizip, zmuszone zostało do szukania poparcia państw Europy, które, zgromadzone na konferencji w Londynie (1840), przekonane m.in.