O ile część miast na nizinie Cylicji znalazła się pod panowaniem tureckim, następnie krzyżowców, a, w późniejszym okresie, przejściowo Bizancjum, z czasem Cylicja została zjednoczona w Królestwo Małej Armenii (królestwo od 1198 r.) ze stolicą w Sis (obecnie Kozan), gdzie znajdował się (zachowany do dziś) zamek królewski oraz (zniszczona po Ludobójstwie Ormian) siedziba ormiańskiego katolikosa. Innym ważnym miastem Cylicji był w tym okresie port Ajas (dzisiejszy Yumurtalık). Państwo ormiańskie w Cylicji sprzymierzyło się z krzyżowcami, czego efektem była uznanie przez kościół ormiański w Cylicji zwierzchnictwa papieża, jak i późniejsze przejęcie władzy przez pochodzących z Francji, a rządzących Królestwem Cypru potomków króla Jerozolimy Gwidona de Lusignan. W późniejszym okresie, Królestwo Małej Armenii sprzymierzyło się z wojującymi z muzułmanami Mongołami, jednak, wobec ich islamizacji i osłabnięcia oraz upadku ostatnich punktów oporu krzyżowców na przełomie XIII i XIV w. (Antiochia w 1268 r.; Trypolis w 1289 r.;