Opis Świat gry Gracz wciela się w medżaja (strażnika i obrońcę) Bayeka z Siwy oraz, w wybranych momentach, w jego żonę Ayę. Oboje pracują na rzecz zapewnienia bezpieczeństwa zwykłym mieszkańcom Egiptu w czasach rosnących niepokojów. Młody faraon, Ptolemeusz XIII, stara się za wszelką cenę zachować władzę, a zarazem rozszerzyć swoje królestwo. Jego siostra, zdetronizowana niedawno Kleopatra, zbiera lojalnych wobec niej sojuszników, żeby obalić Ptolemeusza. Pojawienie się wojsk rzymskich dowodzonych przez Juliusza Cezara jeszcze bardziej pogłębia niepokoje, ponieważ ludność obawia się inwazji. Ze względu na sprawowaną przez Bayeka funkcję medżaja, wraz z Ayą zostaje wciągnięty w intrygę tajemniczych sił próbujących wpłynąć na wszystkie te wydarzenia, ostatecznie zaś wspólnie zakładają Ukrytych – organizację poprzedzającą Bractwo Asasynów. Wśród historycznych miejsc, jakie odwiedzają postacie, znajdują się m.in. Aleksandria wraz z Biblioteką Aleksandryjską i latarnią morską na Faros, Memfis, Krokodilopolis, piramidy w Gizie, Cyrena, Piramida Łamana, Nitria, piramida Dżesera, Czerwona Piramida, a w dodatkach również Teby, Dolina Królów czy Luksor.