W 1624 r. dobra żywieckie przeszły jako zastaw we władanie królowej Konstancji Habsburżanki, która podjęła się uporządkowania spraw wyznaniowych w regionie, co polegać miało na wzmocnieniu pozycji kościoła katolickiego. Wraz z mężem Zygmuntem III Wazą należeli do zwolenników kontrreformacji. W 1629 r. Konstancja otrzymała zgodę na regularne misje jezuitów na Żywiecczyźnie. Już w kwietniu tego roku jezuici z Krakowa działali w ziemiach łodygowickich, o znacznym odsetku ludności protestanckiej. Rekatolizacji przysłużył się również ks. Stanisław Bloch, proboszcz żywiecki od 1625 r.
Według spisu ludności przeprowadzonego w 1630 r., teren parafii w Łodygowicach zamieszkiwało 359 osób wyznania ewangelickiego, co stanowiło trzecią część jej ludności. W Wilkowicach protestanci stanowili ok. 80% mieszkańców.
Po śmierci Konstancji w 1631 r. i przejściu własności nad terenem na jej dzieci, 27 listopada 1639 r. pozyskały one przywilej założenia osady pod Żywcem, zamieszkałej przez ewangelickich osadników ze Śląska. Osadnicy ci otrzymali zwolnienie na 15 lat od wszystkich podatków i czynszów. Miejsce na osadę wyznaczono na Wyszomieściu (obecny teren ulicy Komorowskich w Żywcu). U stóp pobliskiego wzgórza Grapa założyli oni luterański cmentarz. Po zakończeniu wojny trzydziestoletniej w 1648 r.