Niektórzy świadkowie twierdzili, że w Rajsku obecny był również sam SS-Standartenführer Fromm.
Niemcy wypędzili mieszkańców z domów, a następnie zgromadzili ich na placu przed cerkwią. Przetrzymywali ich tam aż do godzin popołudniowych. Siedzącym na placu ludziom nie pozwalano wstać nawet wtedy, gdy chcieli nakarmić dzieci. Osoby, które nie podporządkowały się temu zarządzeniu, dotkliwie bito kolbami. Po pewnym czasie Niemcy rozpoczęli „selekcję”. Osobno ustawiono młodzież w wieku 14–16 lat oraz młode bezdzietne kobiety. W drugiej grupie znaleźli się mężczyźni powyżej 16. roku życia oraz te kobiety, których mężowie i synowie byli nieobecni we wsi. Pozostałym mieszkańcom rozkazano pozostać na placu.
Młodych chłopców i dziewczęta załadowano na samochody ciężarowe i zabrano do Bielska Podlaskiego, skąd zostali później wywiezieni na roboty przymusowe do Niemiec. Mężczyzn powyżej 16. roku życia oraz dołączone do nich kobiety zabrano natomiast grupami po 10 osób na pole odległe o 300 metrów od Rajska i tam rozstrzelano. Zwłoki były grzebane w dołach, które uprzednio wykorzystywano do magazynowania ziemniaków. Część rannych ofiar zakopano żywcem. W czasie pacyfikacji zostało zamordowanych łącznie 149 osób. Udało się ustalić nazwiska 144 ofiar.