Kościół Świętego Abaskirona Na terenie klasztoru zlokalizowany jest także kościół Świętego Abaskirona z typową dla budowli z VII wieku czworokątną kopułą, opartą na pendentywach. Prawdopodobnie pierwotnie był sanktuarium poświęconym Ananiaszowi, Azariaszowi i Miszaelowi (trzem młodzieńcom z proroctwa Daniela (Dn 3)), funkcjonującym w południowej części kościoła św. Makarego, a po odbudowie ze zniszczeń został ustanowiony odrębnym kościołem pod wezwaniem św. Abaskirona, który miał być męczennikiem zabitym podczas prześladowań za czasów Dioklecjana. Kościół miał być także w przeszłości związany ze zlokalizowaną na południe od klasztoru kościołem Błogosławionego Aristomachusa, który w roku 535 miał być przejęty przez sektę. Na chórze, w północnej stronie kościoła zlokalizowane jest małe pomieszczenie, w którym przechowywane są relikwie św. Jana Kolobosa. Przestrzeń komnaty zamykają zdobione drzwi wbudowane w ciąg ścianki działowej.