Klapa w podłodze wiodła do składu manuskryptów. Na trzeciej kondygnacji zlokalizowane są trzy kaplice (lub kościoły): Archanioła Michała, św. Antoniego i Pustelników, obrońców wiary w czasach prześladowań. Ściany kaplic pokryte są starożytnymi freskami, zaś większość ikon zgromadzonych w donżonie przypisywana jest św. Tekli Hajmanot i datowana na ok. 1517 rok.
Kościół św. Makarego Najważniejszym i najstarszym kościołem w klasztorze jest kościół Świętego Makarego. Pierwotny budynek miał znacznie większe rozmiary – zajmował teren od swojej obecnej zachodniej granicy, aż do kościoła Czterdziestu Dziewięciu Męczenników. Po podboju arabskim w VII wieku kościół został zniszczony, a w odbudowanym obiekcie zachowana została jego centralna część oraz wchodzące w jego skład sanktuarium Anby Benjamina i sanktuarium św. Jana Chrzciciela, zwane także sanktuarium św. Marka. Przebudowany kościół został konsekrowany przez patriarchę Benjamina I w roku 655. Na ścianie budowli zachował się fresk z VII wieku przedstawiający tetramorfę. Zlokalizowana w bocznej nawie kościoła (diaconicon) kaplica, została wzniesiona na planie kwadratu i jest zwieńczona kopułą wspartą na perskich łukach z X lub XI wieku. W klasztorze przechowywane są relikwie św. Makarego, relikwie czterdziestu dziewięciu męczenników, a także św.