Systemy te są podatne na zaśmiecenie i zamulenie, dlatego wymagają stosowania rozwiązań ograniczających ilość gleby i innych materiałów stałych transportowanych przez wody opadowe. W zimnym klimacie dodatkowym czynnikiem podnoszącym koszty inwestycyjne jest konieczność zapewnienia rozwiązań związanych z niską wydajnością systemów bioretencyjnych w zimie.
Usuwanie metali ciężkich W wodach opadowych pochodzących z terenów nieprzepuszczalnych (np. drogi i chodniki) występują ślady metali ciężkich, takich jak cynk, miedź i ołów. Warstwa bioretencjonująca w systemach oczyszczania wód opadowych, takich jak ogrody i osadniki deszczowe, pozwala na zmniejszenie zawartości metali ciężkich w takich wodach, gdyż rozpuszczone związki tych metali mogą albo związać się z cząstkami osadów z jezdni, albo zostać zaadsorbowane przez cząstki stałe układów filtracyjnych w systemie bioretencyjnym. W testach laboratoryjnych, w których wykorzystano prototypowe konstrukcje doniczek wypełnionych mediami systemu bioretencyjnego w celu symulacji warunków naturalnego wzrostu roślin, badano stopień oczyszczenia wody zawierającej ślady metali ciężkich w składzie symulującym typowe poziomy zanieczyszczeń wód opadowych.