10 grudnia 2006 zawodniczki reprezentacji Polski wystosowały list otwarty, w którym poprosiły władze Polskiego Związku Piłki Siatkowej o rozpatrzenie możliwości powrotu Andrzeja Niemczyka do pracy na stanowisku selekcjoneraSport.pl – Wiadomości sportowe – Piłka nożna – Siatkówka – Koszykówka – F1 – Inne sporty – Gwiazdy sportu – Relacje – Wyniki.. mały|Grób Andrzeja Niemczyka na Cmentarzu Komunalnym na Dołach w Łodzi W 2005 roku został zdiagnozowany u niego nowotwór węzłów chłonnych i został z niego wyleczony, o czym poinformował media w marcu 2006. Jednak po 10 latach wykryto u niego nieoperacyjnego raka płuc. Zmarł 2 czerwca 2016 roku. Pogrzeb odbył się 14 czerwca 2016 i jego urna z prochami spoczęła w alei zasłużonych na cmentarzu Doły w Łodzi.
W 2005 zwyciężył w plebiscycie Łodzianin Roku.
Od 2007 roku był członkiem Rady Nadzorczej klubu piłkarskiego Widzew Łódź. Od lipca 2008 był prezesem fundacji „Futbol przez wieki”, która zajmuje się pielęgnowaniem tradycji i historii Widzewa.
W 2010 startował z listy KWW Zdzisławy Janowskiej w wyborach do rady miejskiej w Łodzi, z których jednak wycofał się, decyzję tę tłumacząc względami zdrowotnymi.