W latach 1975–1977 prowadził drużynę narodową kobiet. Podał się do dymisji po mistrzostwach Europy w Finlandii, na których reprezentacja Polski zajęła 4. miejsce. Następnie wyjechał do Niemiec, gdzie przez 10 lat prowadził reprezentację tego kraju oraz drużyny ligowe, m.in. Bayer Lohhof, z którym siedmiokrotnie zdobył mistrzostwo Niemiec. Pracował w Turcji, gdzie prowadził drużyny Eczacıbaşı Stambuł i VakıfBank Ankara.
Po rezygnacji Zbigniewa Krzyżanowskiego w kwietniu 2003 objął ponownie funkcję szkoleniowca reprezentacji Polski, z którą awansował na mistrzostwa Europy w Turcji, gdzie drużyna narodowa zdobyła złoty medal. Prowadzona przez niego reprezentacja powtórzyła ten sukces na odbywających się w 2005 mistrzostwach Europy w Chorwacji. Sukcesy w rozgrywkach kontynentalnych nie szły jednak w parze z osiągnięciami w innych turniejach międzynarodowych. 1 września 2006, po słabych występach w Grand Prix, Andrzej Niemczyk podał się do dymisji. Kilka dni wcześniej usunął z kadry jedną z jej najlepszych zawodniczek Małgorzatę Glinkę.
W trakcie sezonu 2003/2004, 30 marca 2004 roku został trenerem PTPS Nafty-Gaz Piła.