Osiem lat później, z rekomendacji Towarzystwa, utworzono samodzielny Bułgarski Instytut Archeologiczny, którego pierwszym dyrektorem został Bogdan Fiłow.
W 1921 roku dyrektorem muzeum został Andrej Proticz (1875–1959), który sprawował tę funkcję do 1928 roku. Za jego czasów, muzeum zaczęło organizować we współpracy z Bułgarskim Towarzystwem Archeologicznym specjalistyczne kursy z archeologii i muzeologii.
W 1928 roku kolejnym dyrektorem muzeum został bułgarski filolog i archeolog Gawrił Kazarow (1874–1958), który zapoczątkował organizowanie tematycznych wystaw czasowych. Kazarow prowadził wykopaliska na stanowiskach typu tell w regionie Starej Zagory.
W latach 1929–1938 muzeum kierował bułgarski historyk i archeolog (1876–1940), który rozwinął studia nad prehistorią Bułgarii. Przez wiele lat Popow brał udział w pracach wykopaliskowych w Madarze i spopularyzował tamtejsze znaleziska.
W latach 1938–1944 dyrektorem muzeum był bułgarski archeolog (1881–1958), który zapoczątkował szeroko zakrojone prace konserwatorskie.