Rok później Henryk Dostojny odbił Eisenach.
Kolejny arcybiskup moguncki, Werner z Eppsteinu w 1261 roku ekskomunikował Zofię i jej syna, a kraj obłożył interdyktem, jednak ona nie ustąpiła, prowadząc dalsze działania zbrojne i dyplomatyczne. 12 września 1263 roku zawarto układ, na mocy którego abp Werner uznał władzę Henryka w zachodniej części dziedzictwa Ludowingów. Wojna zakończyła się w roku 1264, a Turyngia została ostatecznie podzielona. Jej zachodnia część przypadła synowi Zofii, zaś wschodnia część Henrykowi Dostojnemu i jego synom. Powstało wówczas w Cesarstwie nowe państwo – Hesja, w którym objęła rządy Zofia z Turyngii, jako regentka w imieniu syna, landgrafa Henryka I.
mały|lewo|Zamek w Marburgu Na stolicę nowego państwa Zofia obrała Marburg, dynamicznie rozwijający się ośrodek pielgrzymkowy, jako miejsce spoczynku i kultu jej matki, św. Elżbiety z Turyngii, przyszłej patronki dynastii heskiej. Rozpoczęła w nim budowę nowego, obszernego zamku, na siedzibę władców Hesji, który nadal góruje nad miastem, na wysokości 102 m nad poziomem Lahnu.
Zofia z Turyngii przekazała synowi samodzielne rządy w 1265 roku, pozostając w Marburgu do śmierci, 29 maja 1275 roku. Pochowana została obok męża w brabanckim opactwie cystersów w Villers-la-Ville. Dynastia heska, której dał początek Henryk, panowała do 1918 roku.