Link spotyka się ze staruszką z rodu Sheikah o imieniu Impa, która nakazuje mu uwolnić Boskie Bestie. Podczas swojej podróży przez królestwo, Hyrule Link odzyskuje swoje utracone wspomnienia. Przy oswobodzeniu każdej z Boskich Bestii od sił Ganona uwalnia duchy ich poszczególnych Championów. W lesie Korok Link odzyskuje Master Sword i wyrusza z nim do zamku Hyrule w celu walki z Ganonem. Podczas potyczki, Zelda daje Linkowi Łuk Światła, pozwalający na osłabienie Ganona. Po jego pokonaniu, pokój zostaje przywrócony do Hyrule, a dusze króla Rhoama oraz Championów odchodzą do zaświatów.
Jeśli gracz przywrócił wszystkie wspomnienia z misji Captured Memories, zostaje odblokowany przerywnik filmowy po napisach końcowych, w którym Zelda postanawia, że ona z Linkiem muszą rozpocząć proces odbudowy królestwa Hyrule, przy czym mówi, że choć jej moce mogły doznać osłabieniu, ona pogodziła się z tą sytuacją.