Jednakże w siedemnaste urodziny Zeldy Ganon przejął władzę nad Boskimi Bestiami oraz Strażnikami nastawiając je przeciwko Hyrule. Król Rhoam oraz Championi zostali zabici, a Link doznał poważnych obrażeń podczas podróży z Zeldą. Zelda użyła swoich uzdrawiajacych mocy w celu uratowania Linka, po czym ten został zaniesiony do Kaplicy Wskrzeszenia (), a Master Sword został ukryty w lesie Korok pod ochroną Wielkiego Drzewa Deku. Księżniczka, posługując się swoimi mocami, zapieczętowała siebie oraz Ganona w Zamku Hyrule.
Stulecie później Link budzi się w Kaplicy Wskrzeszenia pozbawiony swoich wspomnień, a przez ten czas Hyrule stało się zdewastowane. Spotyka człowieka w starszym wieku, który okazuje się być duchem króla Rhoama. Ten radzi Linkowi, by pokonał Ganona, zanim osiągnie swoją pełną siłę, uwolni się z zamku Hyrule i zniszczy świat.