W 1801 Pius VII powierzył jej wykonanie motu proprio dotyczącego oddłużenia gmin Państwa Kościelnego.
Znaczenie Kongregacji Dobrego Rządu zmalało w związku z reformami papieża Grzegorza XVI (1831–1846), w szczególności wskutek utworzenia Sekretariatu Spraw Wewnętrznych. Ostatecznie zniósł ją papież Pius IX 29 grudnia 1847.
Skład Kongregacja składała się z kilku kardynałów (w tym jednego w randze prefekta), sekretarza (prałata będącego jednocześnie sekretarzem Kongregacji ds. Immunitetów), kilku lub kilkunastu tzw. ponentes (członków mających prawo głosu) oraz pomniejszych urzędników.
Kardynałowie prefekci Pietro Aldobrandini (1593–1605) Scipione Caffarelli-Borghese (1605–1621) Ludovico Ludovisi (1621–1623) Francesco Barberini (1623–1644) Camillo Francesco Maria Pamphili (1644–1647) Camillo Astalli (1650–1654) Francesco Barberini (1654-1657) Flavio Chigi (1657–1667) Giacomo Rospigliosi (1667–1670) Paluzzo Paluzzi-Altieri (1670–1676) Alderano Cibo (1676–1689) Pietro Ottoboni (1689–1691) Fabrizio Spada (1691–1700) Giuseppe Renato Imperiali (1701–1737) Domenico Riviera (1737–1752) Giorgio Doria (1754–1759) Federico Marcello Lante (1759–1773) Antonio Casali (1773–1787) Filippo