W 1592 Klemens VIII do składu kongregacji powołał trzech kardynałów (Anton Maria Salviati, Mariano Pierbenedetti, Alessandro Peretti de Montalto) i początkowo zorganizował ją jako organ w pełni kolegialny. Już wkrótce potem mianował na stanowisko prefekta swojego bratanka Pietro Aldobrandiniego jako superintendenta generalnego Państwa Kościelnego. 4 czerwca 1605 papież Paweł V zwiększył liczbę członków do sześciu, a wkrótce potem postawił na jej czele swego siostrzeńca Scipione Caffarelli-Borghese. Aż do końca XVII wieku prefektem tej kongregacji był każdorazowo kardynał nepot urzędującego papieża, lub (za Innocentego XI i Innocentego XII) aktualnie urzędujący kardynał sekretarz stanu. Dopiero za papieża Klemensa XI funkcja prefekta tej kongregacji stała się funkcją w pełni autonomiczną.
Papież Benedykt XIV sprecyzował zadania oraz procedury obowiązujące Kongregację Dobrego Rządu w dwóch konstytucjach apostolskich Quamvis (29 lipca 1752) i Gravissimarum (1 października 1753). W 1761 papież Klemens XIII przekazał jej kompetencje zlikwidowanej wówczas Kongregacji ds. Fermo.