Dowodem są licznie zgromadzone obiekty archeologiczne, świadczące o względnym dobrobycie miasta w epoce nowożytnej.
mały|Panorama Elbląga, 1554 r. Po klęsce Krzyżaków z wojskami polsko-litewskimi pod Grunwaldem w 1410 r., w której Elbląg stał po stronie Krzyżaków, mieszczanie elbląscy zdobyli i wypędzili załogę wraz z wielkim szpitalnikiem i tutejszym komturem. Elblążanie 22 lipca 1410 złożyli hołd polskiemu królowi Władysławowi Jagielle. Jednak we wrześniu 1410 zamek ponownie wrócił we władanie Krzyżaków. W 1440 roku to właśnie w Elblągu powstał Związek Pruski. 12 lutego 1454 r., w początkowym okresie wojny trzynastoletniej, elbląscy mieszczanie zdobyli po 5-dniowym oblężeniu zamek krzyżacki, a następnie, w obawie przed ponownym powrotem Krzyżaków, zniszczyli go. W tym samym roku elblążanie na opanowanym zamku krzyżackim złożyli hołd królowi Kazimierzowi IV Jagiellończykowi. W 1454 Elbląg otrzymał od króla Kazimierza Jagiellończyka wielki przywilej potwierdzający stare prawa, rozszerzający władze samorządu polskiego, zwiększający kompetencje Sądu Miejskiego i powiększający terytorium miasta niemal dwukrotnie. Miasto ponadto przejęło dotychczasowe prawa rybackie komturów, ich młyny i inne dobra. W zamian za to Elbląg czynnie uczestniczył w rozgromieniu floty Zakonu w bitwie na Zalewie Wiślanym (1463).