1 stycznia 1973 objęła stanowisko wicedyrektora Biblioteki Publicznej m.st. Warszawy, które pełniła do momentu przejścia na emeryturę, tj. do 31 maja 1983 Odpowiadała za funkcjonowanie i pracę merytoryczną Biblioteki Głównej. Wniosła ogromny wkład w organizację udostępniania zbiorów w nowym budynku oraz przyczyniła się do wzrostu znaczenia i rangi Biblioteki Publicznej m.st. Warszawy. Od 1969 do przejścia na emeryturę brała udział w pracach Państwowej Rady Bibliotecznej przy Ministrze Kultury i Sztuki.
Na emeryturze w niepełnym wymiarze godzin pracowała w Oddziale Bibliotek Zakładowych Biblioteki Uniwersytetu Warszawskiego (1984–1991).
Zmarła 19 października 2003 w Warszawie, została pochowana na cmentarzu Wawrzyszewskim w Warszawie (kwatera 5 D-III-5,6)Wykaz miejsc spoczynku zasłużonych bibliotekarzy warszawskich. Stowarzyszenie Bibliotekarzy Polskich.. Witold Stankiewicz, który współpracował z nią w Stowarzyszeniu Bibliotekarzy Polskich, określił Janinę Cygańską jako „prawdziwą bibliotekarkę z powołania” oraz „czołowego bibliotekarza polskiego drugiej połowy XX stulecia”Stankiewicz, Janina Cygańska, [w:] Zasłużeni..., s. 26, 34..