W ten sposób powstał plac Mariacki.
W latach 1887–1891 pod kierunkiem Tadeusza Stryjeńskiego, wprowadzono do wnętrza wystrój neogotycki. Świątynia zyskała nową polichromię projektu i pędzla Jana Matejki, z którym współpracowali: Stanisław Wyspiański i Józef Mehoffer – autorzy witraży w prezbiterium i nad organami głównymi.
Od początku lat 90. XX wieku prowadzone były kompleksowe prace restauracyjne, w wyniku których kościół odzyskał swój wspaniały blask. Ostatnim akcentem remontowym była wymiana pokrycia dachu w 2003 roku.
18 kwietnia 2010 roku w kościele Mariackim odbyła się uroczystość pogrzebowa tragicznie zmarłego prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego i jego żony Marii, których trumny następnie pochowano w jednej z krypt katedry na Wawelu.
Architektura zewnętrzna thumb|Kościół od strony południowo-zachodniej
Obecny kształt nadała kościołowi przebudowa na układ bazylikowy, która miała miejsce w latach 1392–1397.
Wieże Fasada świątyni ujęta jest w dwie wieże: