Na początku XVI wieku polscy rajcy zaczęli domagać się spolszczenia tego kościoła, który należał do gminy niemieckiej Krakowa. W opozycji do nich stanęli niemieccy burmistrzowie miasta Cipsar, Morsztyn, Ajchler i Szyling, którzy bronili swego stanu posiadania. W spór wdał się również sejm, który w 1537 roku i pod naciskiem szlachty uznał edyktem króla Zygmunta I, żeby poranne nabożeństwa niemieckie ograniczyć do poobiednich„Podobne spory toczyły się w Poznaniu o kościół Marii Magdaleny. W Bieczu kaznodzieja niemiecki otrzymał w 1529 nowe uposażenie, ze względu na szerzenie się luteranizmu wśród niemieckiego mieszczaństwa, zachowując też kazania w języku niemieckim” w Aleksander Brückner. Encyklopedia staropolska (reprint: 1990) Miasta, mieszczanie str. 904..
W XVIII wieku na polecenie archiprezbitera Jacka Augustyna Łopackiego wnętrze gruntownie przerobiono w stylu późnego baroku. Autorem tych prac był Francesco Placidi. Wymieniono wtedy 26 ołtarzy, sprzęt, wyposażenie, ławy, obrazy, a ściany ozdobiono polichromią pędzla Andrzeja Radwańskiego. Z tego okresu pochodzi również późnobarokowa kruchta.
Na początku XIX wieku wskutek wprowadzenia austriackich przepisów sanitarnych i w ramach porządkowania miasta zlikwidowano przykościelny cmentarz.