25 X 1603 – Kapituła stwierdziła, że gmach seminaryjny jeszcze nie nadaje się do zamieszkania ze względu na bardzo poważne braki architektoniczne.
1604 – Na piątym posiedzeniu jesiennej sesji kapituły zapadła decyzja o zwrócenie się do Stolicy Apostolskiej w celu zatwierdzenia założenia seminarium. Udał się tam ówczesny prowizor – Wincenty de Sevé, który w 1605 powrócił do kraju z aktem zatwierdzenia Stolicy Apostolskiej. Do tego czasu kapituła na użytek seminarium zakupiła wsie leżące w okolicy Gniezna.
28 IV 1613 – W Gnieźnie podczas jarmarku wybuchł pożar, który rozmiarami objął całe miasto. Ponieważ pożar ogarnął także drewniany gmach seminaryjny, stanowiło to pierwszy poważny wstrząs w historii seminarium. Klerycy w tym czasie mieszkali najpierw w wynajętym w mieście domu, potem na Cierpięgach, a w końcu w domu ówczesnego prefekta Jakuba Dubiusa.