Cały czas pozostawał też aktywny w Verein i w Kongresie Ewangelickim.

W 1897 roku Weber pokłócił się poważnie z ojcem. Ten zmarł po dwóch miesiącach, bez pojednania się z synem. Po tym wydarzeniu Weber zaczął miewać nastroje depresyjne, stał się nerwowy i cierpiał na bezsenność. Zaciążyło to na wypełnianiu przez niego obowiązków profesorskich. Jego stan zmusił go do ograniczenia dydaktyki, a w końcu do przerwania kursu jesienią 1899 roku. Lato i jesień 1900 Weber spędził w sanatorium. Następnie wraz z żoną wyjechali do Włoch, gdzie pozostali do kwietnia 1902 roku, kiedy Weber powrócił do wykładów w Heidelbergu. W 1903 po raz kolejny przerwał wykłady i nie podjął ich aż do 1919 r. Pogłębiające się schorzenia psychiczne Webera były dokumentowane przez Marianne w szczegółowym dzienniku. Dziennik został przez nią później zniszczony, ponieważ Marianne obawiała się, że informacje te mogą posłużyć nazistom do dyskredytacji dorobku jej męża.