W The Fractured but Whole zachowano turowy system walki z Kijka Prawdy, potyczki rozgrywają się jednak na różnych rozmiarów planszach podzielonych na mniejsze kwadraty (heksy), pomiędzy którymi postacie mogą się przemieszczać, co pozwala na planowanie strategii. Na planszach znajdować mogą się przeszkody środowiskowe, takie jak eksplodujące beczki z chemikaliami czy „lawa” (czerwone klocki lego). Gracz wybiera ataki z menu, a wzmacniać może je poprzez odpowiednio szybkie wciskanie wskazanego na ekranie przycisku. Wciśnięcie go podczas ataku przeciwnika pozwala odzyskać nieco zdrowia i doładowuje pasek supermocy. Część ataków zapewnia dodatkowe efekty, takie jak np. odrzucenie przeciwnika, co zmienia jego pozycję na planszy, albo obrzydzenie, zamrożenie, podpalenie czy krwawienie, które zadają obrażenia rozłożone w czasie.
Każdy atak zadaje obrażenia tylko w wybranych kierunkach, wobec czego zadanie przeciwnikowi obrażeń wymaga odpowiedniego ustawienia się na planszy. Obrażenia zwiększyć można poprzez pchnięcie przeciwnika na inną postać. Podczas walki używać można przedmiotów leczących czy wzmacniających, jednak w odróżnieniu od Kijka Prawdy nie robi się tego na początku tury, a traktowane jest jako pojedynczy ruch.