W latach 1982–1987 kierował Katedry Archeologii Starożytnego Chrześcijańskiego Zachodu ATK i równocześnie był p.o. kierownika Katedry Historii Kościoła Starożytnego. W 1985 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego. W latach 1987–1999 kierował Katedrą Historii Kościoła w Czasach Najnowszych ATK. W 1993 otrzymał tytuł profesora zwyczajnego. W 1999 przeszedł na emeryturę.
Był odznaczony Srebrnym (1974) i Złotym Krzyżem Zasługi. W 1983 otrzymał Nagrodę im. Włodzimierza Pietrzaka.
Wybrane publikacje Dzieje kapituły zamojskiej, Lublin: Towarzystwo Naukowe Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego 1962. Kościół na Lubelszczyźnie i Podlasiu na przełomie XIX i XX wieku, Warszawa: Akademia Teologii Katolickiej 1975. Franciszek Jaczewski biskup lubelski, Warszawa: Akademia Teologii Katolickiej 1981. U źródeł chrześcijaństwa: archeologia, Warszawa: Instytut Prasy i Wydawnictw "Novum" 1982. Mieczysław Żywczyński, Kościół i społeczeństwo pierwszych wieków, wstęp i oprac. Franciszek Stopniak, Warszawa: "Pax" 1985.
Bibliografia Józef Mandziuk, Ksiądz prof. dr hab.