W 1939 roku szkoła zawiesiła działalność, a budynki szkolne i gospodarcze zostały zajęte przez wojska niemieckie. Za zgodą ksieni Ireny Modesty Salezji Terlikowskiej w zabudowaniach szkolnych zamieszkało kilka wysiedlonych rodzin z dziećmi.
Naukę w formie tajnych kompletów zarówno w gimnazjum jak i w liceum wznowiono w 1940 roku. Do szkol uczęszczali również chłopcy z okolicznych wiosek i dzieci przesiedleńców. Dzięki porozumieniu z Gminną Komisja Oświaty i Kultury w Niepołomicach uczniowie mogli zdawać tajną maturę w Wieliczce. Naukę rozpoczęło 10 uczniów. ich liczba w kolejnych latach wyrastała do: 15 (1941/1942), 32 (1942/1943), 29 (1943/1944), 28 91944/19450. Zamożniejsi uczniowie za naukę płacili poprzez przekazywanie żywości, biedniejsi (1/3 uczniów) byli zwolnieni z opłat.
Po wyzwoleniu naukę w szkole wznowiono 10 lutego 1945 roku. Konieczne było uporządkowanie budynku szkolnego po opuszczeniu przez wojska niemieckie, Na szczęście poza zniszczeniem szaf w gabinetach przyrodniczym i fizycznym wszystkie pomoce naukowe i biblioteka ocalały. W 1945 roku maturę zdało 6 uczniów uczących się na tajnych kompletach. Do szkoły powróciło 41 uczniów.