Niedługo później do miasta powrócili enkawudziści, którzy przystąpili do systematycznej eksterminacji więźniów. Ofiary rozstrzeliwano w więziennych piwnicach lub na dziedzińcu wewnętrznym. Na czas egzekucji uruchamiano silniki samochodowe lub puszczano głośną muzykę z megafonów, chcąc w ten sposób zagłuszyć odgłosy strzałów i krzyki mordowanych. Środek ten okazał się skuteczny, gdyż masakra wyszła na jaw dopiero po ostatecznej ewakuacji Sowietów ze Stanisławowa.
2 lipca miasto zostało zajęte przez sprzymierzone z Niemcami oddziały węgierskie. Mieszkańcy udali się wówczas do więzienia, mając nadzieję, że odnajdą tam aresztowanych krewnych i przyjaciół. Na terenie gmachu znaleziono jedynie dziesiątki zmasakrowanych ciał. Gadzinowy „Goniec Krakowski” podawał, że na dziedzińcu sądowym i w pobliskim ogrodzie odkryto w dodatku trzy zbiorowe mogiły wypełnione kilkoma warstwami zwłok. Masowe groby odnaleziono także w Posieczu (ponad 200 zwłok) oraz w Pasiecznej (trzy groby z setkami ciał). Świadkowie ekshumacji relacjonowali, że wiele zwłok nosiło ślady tortur – np. rażenia prądem elektrycznym. Twierdzili ponadto, że w jednej z cel enkawudziści zamurowali więźniów żywcem (prawdziwość tego typu doniesień kwestionuje jednak Bogdan Musiał).