W młodości żywił sympatię do kantyzmu, później został zwolennikiem tomizmu, który łączył z filozofią analityczną. Na początku lat 60. porzucił tomizm, dokonując rewizji swoich poglądów na rozwój filozofii europejskiej i tworząc własny system analitycznej filozofii chrześcijańskiej.
Bocheński dzielił historię logiki na trzy krótkie okresy szybkiego rozwoju, przedzielane długimi okresami niemal całkowitego upadku. Te okresy rozwoju to IV/III w. p.n.e. (logika arystotelesowska i logika stoicka), XIII i XIV w. (logika scholastyczna) oraz okres współczesny, zaczynający się pod koniec XIX w. (rozwój logiki matematycznej). Stanowią one jednocześnie czasy największego rozkwitu filozofii – pierwszy wydał Arystotelesa, drugi św. Tomasza, trzeci współczesną filozofię analityczną. Historia logiki pokazuje według Bocheńskiego, że logika i metodologia rozwijają się i doskonalą, nie są więc niezmienne jako narzędzia poznawcze. Narzędzia te w najdoskonalszej obecnie fazie rozwoju wykorzystuje jedynie filozofia analityczna, i tylko ona jest filozofią naukową. Inne niż filozofia analityczna kierunki filozoficzne współczesności są natomiast wyrazem upadku logiki i filozofii i stanowią przedmiot zainteresowania drugiego z nurtów myśli Bocheńskiego, krytyki kultury współczesnej.