W maju 2018 w wywiadzie dla „Naszego Dziennika” ostro skrytykował i zarzucił kłamstwa badaczom z Centrum Badań nad Zagładą Żydów. Zasugerował w swojej wypowiedzi, że granty otrzymywane przez instytucję są nagrodą za pisanie złych rzeczy o Polakach i szerzenie antypolonizmu. Bronił również uznanych za antysemickie wypowiedzi prof. Krzysztofa Jasiewicza.
Dr hab. Adam Leszczyński, profesor w Instytucie Studiów Politycznych PAN, związany z Gazetą Wyborczą, Krytyką Polityczną i współzałożyciel portalu OKOpress wyraził się o jego działalności następująco: Prezes IPN Jarosław Szarek prawie nie ma dorobku naukowego. Napisał za to wiele książeczek dla dzieci, w których uczy ich bogoojczyźnianej historii Polski – zawsze heroicznej, zawsze cierpiącej, zawsze katolickiej i szlacheckiej, bez mniejszości narodowych i chłopów.
Z kolei publicysta Gazety Wyborczej Wojciech Czuchnowski powiedział o nim: Jarosław Szarek, nowy prezes z partyjnego nadania, zrezygnował z pozorów pluralizmu. Z IPN musieli odejść tacy naukowcy jak: Antoni Dudek, Andrzej Friszke czy Krzysztof Persak.