Zakończył pełnienie funkcji 23 lipca 2021 w związku z zaprzysiężeniem Karola Nawrockiego na jego następcę.
Od 1 października 2023 dyrektor Muzeum Armii Krajowej w Krakowie.
Wypowiedzi, krytyka i opinie Kontrowersje i krytykę części środowiska historyków i publicystów wzbudziły liczne wypowiedzi Jarosława Szarka jako dyrektora Instytutu Pamięci Narodowej. O zwycięstwie polskim w bitwie warszawskiej powiedział, że „uratowało nie tylko Rzeczpospolitą, ale łacińską cywilizację przed zagładą (...)”. Porozumienia Okrągłego Stołu nazwał „drugą Jałtą i porozumieniem ponad Polakami”. Obarczył Niemców odpowiedzialnością za pogrom w Jedwabnem. Polskie elity po 1945 nazwał „lumpenelitami”. W swoich publikacjach gloryfikował także udział dzieci w powstaniu warszawskim. Potwierdził również tezę jakoby Lech Wałęsa miał współpracować z SB jako TW Bolek.
4 października 2017 w przemówieniu do studentów Akademii Sztuki Wojennej stwierdził, że „armia Rzeczypospolitej odniosła zwycięstwo w bitwie pod Legnicą w 1241 i tym samym uratowała Europę”. Pozbawiona całkowicie prawdy historycznej wypowiedź Jarosława Szarka została umieszczona na oficjalnym facebookowym profilu IPN.