W 2002 roku prezydentem Kolumbii został Álvaro Uribe. Polityk jeszcze przed wyborami obiecywał zwiększenie skuteczności rządu w zwalczaniu rebelii. Prezydentura Uribe trwała do 2010 roku. W tym okresie odnotowano zmniejszenie wpływów i liczby członków FARC. 1 marca 2008 roku wojsko przeprowadziło akcje przeciwko partyzantom w pobliżu granicy z Ekwadorem. W ataku zginęło 17 partyzantów, w tym jeden z dowódców FARC, Raúl Reyes. Armia w czasie ofensywy przekroczyła granicę Ekwadoru, co wywołało kryzys dyplomatyczny w Ameryce Łacińskiej.
26 marca 2008 roku Marulanda zmarł na zawał serca. Nowym przywódcą FARC został Alfonso Cano. 4 listopada 2011 roku Alfonso Cano zginął w ataku sił rządowych. Po jego śmierci dowodzenie w FARC objął Rodrigo Londoño.
Rozmowy pokojowe i zakończenie wojny thumb|upright|Rodrigo Londoño w 2016 roku Rozmowy pokojowe z FARC wznowił prezydent Juan Manuel Santos. Do pierwszych negocjacji doszło w 2012 roku w Oslo, a następnie kontynuowane były w Hawanie. Rebelianci ogłosili z tej okazji uwolnienie przetrzymywanych zakładników i zakończenie procederu porwań. W połowie listopada 2014 roku rząd zawiesił rozmowy. Spowodowane to było uprowadzeniem przez rebeliantów oficera wojsk rządowych. Rozmowy zostały wznowione dwa tygodnie później, gdy FARC zwolniło zakładnika.