Represje uniemożliwiły rozwój partii, a wielu jej aktywistów opuściło Kolumbię. thumb|280px|Partyzanci FARC – EP w 1999 roku Proces pokojowy załamał się, a FARC powrócił do wcześniej stosowanych metod. W odwecie za porwania zamożnych właścicieli ziemskich ci zaczęli tworzyć ugrupowania paramilitarne takie jak Śmierć Porywaczom czy Zjednoczone Siły Samoobrony Kolumbii (AUC). Z rąk bojówek AUC ginęli cywile oskarżani o sympatyzowanie z partyzantami. U progu XXI wieku ugrupowanie zwiększyło zaangażowanie w handel narkotykami. Rosła także liczba porwań dla okupu. W 1999 roku w Kolumbii odbyły się liczne protesty przeciwników FARC. W tym samym czasie ruszyły kolejne rozmowy pokojowe pomiędzy FARC a rządem. W 2000 roku Stany Zjednoczone zainicjowały Plan Kolumbia, w ramach którego rząd kolumbijski otrzymał pomoc wojskową i finansową mającą służyć walce z rebeliantami i handlem narkotykami. W 2002 roku rozmowy pokojowe zakończyły się bez wypracowania konsensusu.