Pierwotną formacją roślinną Niziny Środkowodunajskiej był step przechodzący w lasostep. W wyniku działalności rolniczej formacje te jednak prawie całkowicie zanikły. Dawne stepy stanowią obecnie grunty rolne, zaś lasy (które np. na Węgrzech stanowią 15% powierzchni kraju) przetrwały jedynie reliktowo, w wyższych partiach wzgórz.
Podział fizycznogeograficzny thumb|350px|Nizina Środkowodunajska
Tradycyjnie przyjęty w węgierskiej geografii (rozpowszechniony również w Polsce) podział Kotliny Panońskiej na mniejsze regiony geograficzne jest następujący: przedgórze Alp (Alpokalja) Mała Nizina Węgierska (Kisalföld) Kotlina Győru krainy brzeżne stożek napływowy Raby (Vasi-hegyhát) grzbiet Kemenes (Kemeneshát) i dolina Raby (Vas-Soproni-völgység) Obniżenie Marcalu (Marcal-medence) przedgórza Lasu Bakońskiego (Bakonyalja) i Werteszu (Vértesalja) Kraj Zadunajski (Dunántúl) Średniogórze Zadunajskie (Dunántúli-középhegység) Las Bakoński (Bakony) góry Wertesz (Vértes) i wzgórza Velence (Velencei-hegy) góry zakola Dunaju (Dunazug-hegység) góry Gerecse góry Pilis Góry Wyszehradzkie (Visegrádi-hegy) Góry Budzińskie (Budai-hegy) Kotlina Zadunajska (Dunántúli-dombság) równina Mezőföld Wysoczyzny Zadunajskie wzniesienia Vas i Zala wzniesienia Somogy, Tolna i Baranya góry wyspowe Baranya góry Mecsek wzgórza Morágy góry