Oprócz Dunaju nizinę przecinają dwa jego dopływy dorównujące mu wielkością – Cisa na wschodzie i Sawa na południu, jak również mrowie mniejszych rzek, odwadniających otaczające góry. Zgodnie z nachyleniem powierzchni niziny rzeki płyną generalnie na południe i w kierunku jej centrum.
W Kraju Zadunajskim leży największe jezioro Węgier i całej Europy Środkowej – Balaton, na jego przedłużeniu na północny wschód – zanikające jezioro Velence, a na południowy zachód – obszar bagien zwany Małym Balatonem (węg. Kis-Balaton). Jest on reliktem rozległych błot, występujących dawniej na obszarze całej Niziny Środkowodunajskiej, osuszonych przez człowieka w ciągu ostatnich stuleci. Po Balatonie największym jeziorem jest bezodpływowe Jezioro Nezyderskie na granicy Austrii i Węgier. Pozostałe jeziora mają charakter niewielkich, bezodpływowych jeziorek, często wysychających w okresach suszy, typowych dla stepu.
Klimat jest suchy, umiarkowany i kontynentalny. Stanowi specyficzny typ klimatu, zwany panońskim. Kontynentalizm wzrasta z zachodu na wschód, w tym samym kierunku maleje ilość opadów. Mała ilość opadów powoduje okresowe susze, zwłaszcza na Wielkiej Nizinie Węgierskiej.