W czasie blokady Francuzów (1798–1800) linie były w ich rękach. Maltańscy powstańcy, którzy zbuntowali się przeciwko okupantom, zbudowali system transzeji wokół Cottonera Lines oraz w rejonie portu. Szereg baterii i posterunków obserwacyjnych, jak Tal-Borg Battery czy Windmill Redoubt zostało zbudowanych w pobliżu. W międzyczasie Francuzi ostrzelali Maltańczyków w Żabbar.
W XIX wieku Brytyjczycy zmodernizowali linie, budując Umocnienie św. Klemensa, które połączyło Cottonera Lines z Santa Margherita Lines. W latach 1870. zburzono Bastion Valpergi oraz Kurtynę św. Pawła, aby zrobić miejsce dla rozbudowującej się stoczni.
Fortyfikacje zostały wpisane na Listę Zabytków 1925.
Układ fortyfikacji W skład Cottonera Lines wchodzą poniższe bastiony i mury osłonowe (od Kalkara Creek do French Creek, ruchem wskazówek zegara): St. Laurence Demi-Bastion (Półbastion św. Wawrzyńca) – dwupoziomowy półbastion, łączący Cottonera Lines z fortyfikacjami frontowymi Birgu. Jego dolna część została zniszczona w czasie II wojny światowej, zaś górna część mieści teraz szkołę. San Salvatore Curtain (Kurtyna św. Salwatora) – mur osłonowy pomiędzy półbastionem św. Wawrzyńca a Bastionem św. Salwatora. Znajduje się w nim San Salvatore Gate (Brama św.