Cottonera Lines miały pomieścić w swoim obrębie do 40 000 ludzi wraz ze zwierzętami.
Budowa Cottonera Lines rozpoczęła się 28 sierpnia 1670 roku, kiedy Wielki Mistrz Nicolas Cotoner osobiście położył kamień węgielny pod Bastion św. Mikołaja. Linia fortyfikacji została nazwana „najbardziej ambitną budową fortyfikacji, podjętą kiedykolwiek na Malcie przez Zakon św. Jana”, a faktycznie, prace zostały wstrzymane w roku 1680 z powodu braku funduszy. Przez ten czas, budowa murów obronnych z bastionami została w większości skończona, i część suchej fosy została wykopana. Lecz pozostałe ważne elementy systemu fortyfikacji, jak nadszańce, raweliny, stok przed frontem fortyfikacji (glacis) oraz osłonięta droga za wałem (covertway), nie zostały jeszcze wykonane.
Na początku XVIII w. podjęto starania, aby ukończyć budowę obu linii fortyfikacyjnych: Cottonera Lines i Santa Margherita Lines. Zbudowano prochownie na Bastionie św. Jakuba i Bastionie św. Klemensa, a na Bastionie św. Salwatora – Fort św. Salwatora. Budowa linii została wreszcie zakończona w latach 1760., lecz sucha fosa została pozostawiona w stanie nieukończonym, a elementy zewnętrzne fortyfikacji oraz nadszańce nie zostały nigdy zbudowane.