Miejscowość pierwotnie była związana z Wielkopolską. Początkowo była własnością szlachecką należącą do lokalnej szlachty wielkopolskiej z rodu Nieproszewskich, którzy od nazwy wsi przyjęli odmiejscowe nazwisko, a później także Świdwów Szamotulskich herbu Nałęcz oraz Górków herbu Łodzia. W 1445 wieś leżała w powiecie poznańskim województwa poznańskiego w Koronie Królestwa Polskiego. Od 1298 wieś była siedzibą własnej parafii w archidiakonacie poznańskim, a w 1510 należała do dekanatu Śrem.
Pierwszy historyczny zapis związany ze wsią pochodzi ze źródeł kościelnych. W 1298 Andrzej Zaremba, biskup poznański, podzielił archidiakonat poznański na trzy archidiakonaty i zaliczył do archidiakonatu większego czyli poznańskiego m.in. kościół w Niepruszewie.
W 1387 odnotowano właścicieli we wsi Nieproszewskich lub Niepruszewskich z Niepruszowa, a także dwóch świadków Kubę oraz Więcka z Niepruszewa. W latach 1388-1391 jako świadek wspomniany został Trzebiesław z Niepruszewa, Nieproszewski. W 1389 wraz z Mirosławem z Niepruszewa był w sporze ze Szczepanem z Więckowic. W 1397 przed sądem ziemskim zapowiedziano granice Niepruszewa i Duraczewa. W latach 1389-1392 odnotowano Jaśka lub Jana z Niepruszewa, Nieproszewskiego, ojca Wojciecha i Jakusza Nieproszewskich.