Wyrok nie został wykonany i biskup w październiku 1923 powrócił do Ufy, co umotywowano faktem, jakoby podczas śledztwa duchowny potępił „czarnosecinne grupy cerkiewne”.
Pod naciskiem władz świeckich biskup Jan ogłosił, że w dalszym ciągu zamierza zarządzać eparchią ufijską na prawach tymczasowej autokefalii, chociaż patriarcha Tichon domagał się od niego zwykłej podległości. W rezultacie patriarcha upomniał go i przeniósł do eparchii jekaterynburskiej, jako locum tenens. Władze radzieckie nie pozwoliły mu opuścić Ufy i uniemożliwiły podjęcie obowiązków nowemu biskupowi ufijskiemu Borysowi. Patriarcha Tichon 14 marca 1924 uznał taki stan rzeczy, ponownie mianując biskupa Jana locum tenens eparchii ufijskiej. Działalność Jana, zmierzającego do uznania legalności działania eparchii ufijskiej, została skrytykowana przez przebywającego na zsyłce arcybiskupa Andrzeja (Uchtomskiego), co doprowadziło do ostrych sporów w eparchii. W 1928 zastępca locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego metropolita Sergiusz mianował go ordynariuszem eparchii ufijskiej, zaś w 1931 – nadał godność arcybiskupią.